Le virus Shamonda, qui circule depuis l'été chez les vaches françaises, a été détecté pour la première fois au monde chez un être humain. Le patient, très fortement immunodéprimé, est mort début octobre à Lyon. Les autorités sanitaires n'identifient à ce jour aucun risque pour la population générale et n'ont émis aucune consigne particulière pour le grand public. Voici ce que les autorités et les chercheurs savent à ce jour, et ce qui reste à établir.
Le virus Shamonda, c'est quoi ?
C'est un virus du genre Orthobunyavirus, identifié pour la première fois au Nigeria dans les années 1960. Le comité international de taxonomie des virus le considère comme un variant de l'espèce Orthobunyavirus schmallenbergense, celle du virus de Schmallenberg, découvert en Allemagne en 2011.
Il se transmet entre animaux par la piqûre de moucherons du genre Culicoides, les mêmes qui propagent la fièvre catarrhale ovine (FCO). Ce ne sont pas des moustiques : ils mesurent 1 à 3 mm, et on a du mal à les voir en vol.
Chez les ruminants, il provoque surtout des troubles passagers (fièvre, diarrhée, baisse de la production de lait), mais aussi des avortements et des malformations chez les veaux à naître. Il a aussi été retrouvé chez des chevaux présentant des troubles neurologiques, et chez des alpagas.
Une nouvelle lignée arrivée en Europe en 2026
Deux nouvelles lignées, baptisées Shamonda-Europe 1 et 2, sont apparues cet été en Europe. Elles se sont propagées très vite. Selon Santé publique France, au 20 octobre 2026, le virus avait été détecté chez des bovins dans 52 départements de l'Hexagone, chez des moutons dans l'Oise et l'Aveyron, et chez un cheval dans l'Hérault.
La lignée Europe 1 a été détectée en France, en Allemagne, en Suisse, en Autriche, en Italie, en Espagne et au Portugal ; la lignée Europe 2 dans le nord-ouest de l'Allemagne, aux Pays-Bas et dans le nord-ouest de la France.
Le premier cas humain : ce que l'on sait
Les ministères de la Santé et de l'Agriculture ont annoncé ce cas le 22 octobre. Le lendemain, une équipe des Hospices civils de Lyon en a publié une description détaillée dans la revue Eurosurveillance. Les points clés :
- Le patient avait une soixantaine d'années. Il était traité pour une leucémie et venait de recevoir une greffe de cellules souches : son système immunitaire était presque à l'arrêt.
- La maladie : le 23 septembre, il a présenté brutalement une perte de la vue d'origine cérébrale et une confusion, puis de la fièvre, des convulsions et un coma. Il est décédé le 9 octobre. Selon les autorités, les complications cérébrales sont « très probablement liées » au virus.
- Le diagnostic : les tests habituels n'ont rien trouvé. C'est un séquençage génétique du liquide céphalorachidien qui a permis d'identifier le virus, ensuite confirmé par PCR.
- Une infection ancienne : en reprenant ses prélèvements, l'équipe a retrouvé le virus dans son sang dès le 2 juillet. Les auteurs estiment qu'il a probablement été infecté entre mi-juin et le 1er juillet.
- Le lieu : il vivait en zone rurale dans l'ex-région Rhône-Alpes, où la circulation du virus chez les bovins a été documentée début juillet. Selon le directeur général de la Santé, il n'était ni éleveur ni agriculteur.
Comment a-t-il été contaminé ?
Ce n'est pas encore établi. La piste privilégiée par les autorités est celle d'une piqûre de moucheron culicoïde infecté près de son domicile. D'autres hypothèses restent étudiées pour être écartées :
- La greffe : exclue. Le greffon était négatif, et le virus était déjà présent avant.
- Une transfusion : jugée moins probable par les auteurs, sans élément pour la soutenir à ce stade.
- L'alimentation (lait ou fromage cru) : jugée peu probable. Selon le ministère de l'Agriculture, aucune donnée ne documente une transmission par la viande, le lait ou les produits dérivés.
Aucune transmission d'une personne à une autre n'a été identifiée.
| Question | Ce que disent les autorités et les chercheurs (23 octobre 2026) |
|---|---|
| Nombre de cas humains | Un seul, documenté en France |
| Profil du patient | Immunodépression profonde (leucémie, greffe récente) |
| Mode de contamination | Non établi ; piqûre de culicoïde = hypothèse privilégiée |
| Transmission entre humains | Aucune identifiée |
| Viande, lait, fromage | Aucune transmission documentée |
| Risque pour la population générale | Aucun identifié à ce jour |
| Consignes pour le grand public | Aucune consigne spécifique |
Faut-il s'inquiéter ?
Malgré des décennies de circulation en Afrique et en Asie, aucun cas humain n'avait jamais été documenté. Les autorités parlent d'un « cas exceptionnel », lié à l'état immunitaire du patient. Les chercheurs lyonnais écrivent eux-mêmes que ce cas ne peut pas, à lui seul, être interprété comme un risque sérieux pour la population dont l'immunité fonctionne normalement.
« Au regard des connaissances disponibles sur ce virus, aucun risque sanitaire pour la population générale n'est identifié à ce jour. »
Ministères de la Santé et de l'Agriculture, 22 octobre 2026
Des questions restent toutefois ouvertes, et les investigations continuent. L'équipe a relevé sur le virus du patient cinq mutations absentes des souches animales, dont on ignore la portée. Des analyses de sang sont prévues dans l'entourage du patient et dans la population pour voir si d'autres personnes ont été exposées sans tomber malades. Les auteurs appellent aussi à une surveillance renforcée chez l'humain et l'animal, et citent la transfusion et la greffe d'organes comme des voies à surveiller.
Rando, trail, vélo à la campagne : quels réflexes ?
Aucune consigne particulière n'a été émise pour le grand public, promeneurs et sportifs compris. Il n'existe d'ailleurs aucune mesure de lutte spécifique contre ce virus.
Si vous voulez limiter les piqûres d'insectes en général, les gestes habituels restent de bon sens, mais leur efficacité contre ce virus précis n'a pas été évaluée :
- Les culicoïdes sont actifs surtout du coucher au lever du soleil, selon le Cirad.
- En saison chaude, les gestes habituels contre les insectes piqueurs restent pertinents : vêtements couvrants et répulsifs.
- Selon une entomologiste du Cirad, on peut croiser des culicoïdes adultes toute l'année, mais ils se font très rares en hiver.
Si votre immunité est affaiblie (greffe, chimiothérapie, traitement immunosuppresseur), signalez rapidement à votre médecin toute fièvre ou tout symptôme inhabituel, comme pour n'importe quelle infection.
Et quelle que soit la cause : une fièvre avec de violents maux de tête, une raideur de la nuque ou une confusion doit faire consulter en urgence. En cas de doute, appelez le 15.
À lire aussi
Sur le même thème, nous avons aussi fait le point sur le virus West Nile et le chikungunya, transmis par des moustiques, et sur la bonne façon de retirer une tique après une rando. Pour Shamonda, les détections documentées concernent à ce jour presque exclusivement des animaux ; les investigations se poursuivent pour mieux cerner le risque pour l'humain.
